Politeknik ATK Yogyakarta memberikan beasiswa kepada mahasiswa/mahasiswi berprestasi (akademik dan non-akademik) dan mahasiswa tidak mampu. Bentuk beasiswa yang diberikan adalah pemotongan biaya pendidikan (SPP). Mahasiswa yang berhak memperoleh beasiswa tersebut akan dikenakan SPP sebesar 75%, 50%, dan 0% (gratis SPP). Adapun beasiswa tersebut diberikan kepada mahasiswa aktif dengan persyaratan Indeks Prestasi Komulatif (IPK).
Selain beasiswa institusi sebagaimana tersebut diatas, mahasiswa Politeknik ATK Yogyakarta juga dapat memperoleh beasiswa dari stakeholder yang telah bekerjasama dengan kampus. Beasiswa tersebut diantaranya:
